Tradycje leczenia w Ośrodku sięgają końca XIX wieku, kiedy to Jaworze zarejestrowano w Opawie jako uzdrowisko. Początkowo w Zakładzie Przyrodoleczniczym przyjmowano kuracjuszy z Prus, Śląska, Galicji, Moraw, Kongresówki i dolnej Austrii. Leczono schorzenia m.in. gastryczne, pulmonologiczne, laryngologiczne z zastosowaniem metod kąpieli w igliwiu, chodzenia boso po trawie oraz leczenia żętycą.
Pierwszymi lekarzami uzdrowiska byli Maurycy Schorr, Michał Kaufman, Kazimierz Skobel. Wzrost popularności Jaworze zawdzięczało doktorowi Zygmuntowi Czopowi.
W latach 1870 – 1890 poszerzono zakres usług o rehabilitację kardiologiczną i neurologiczną. Wdrożono nowe metody terapeutyczne, elektroterapie, kąpiele borowinowe oraz inhalacje.
W 1927 r. powstało Sanatorium Bielskiej Ubezpieczalni Społecznej dla Kobiet, a w 1937 r. Krakowska Ubezpieczalnia Społeczna wybudowała ze składek społecznych Prewentorium dla dzieci (drugie na Śląsku), które dało początek Oddziałowi dla Dzieci i Młodzieży.
W okresie międzywojennym do spopularyzowania Jaworza przyczyniła się Maria Dąbrowska, która po śmierci męża przybyła tu szukać ukojenia. Jej artykuły publikowane w prasie warszawskiej przyciągnęły tu liczne rzesze gości. W ówczesnym środowisku artystycznym wytworzyła się wręcz moda na spędzanie lata w Jaworzu. Przebywały tu takie sławy jak Wincenty Pol, Maria Konopnicka, Julian Tuwim, Jan Parandowski czy Melchior Wańkowicz. Pobyt tu dawał im nie tylko wytchnienie i regeneracje nadwyrężonego zdrowia, ale także inspirował twórczo. Stąd obecność opisów piękna beskidzkiego krajobrazu w „Nocach i dniach” Marii Dąbrowskiej czy fragmentów „Ziela na kraterze” Melchiora Wańkowicza, w których przedstawiał reguły obowiązujące podczas kuracji w jaworzańskim sanatorium.
W 1945 r. w budynku prewentorium utworzono Dziecięcy Zespół Gruźlicy i Chorób Płuc. Wprowadzono gimnastykę jako metodę leczniczą oraz podjęto prace naukową, dzięki której wypracowano nowe metody terapii, które rozszerzono na cały kraj.
W 1962 r. rozpoczął działalność Beskidzki Ośrodek Sanatoryjno – Prewencyjny, w skład którego weszły: Zakład Dziecięcy w Jaworzu, Prewentorium w Buczu oraz Prewentorium w Górkach Wielkich.
W latach 70-tych poszerzono profil leczniczy o schorzenia narządu ruchu i zaczął funkcjonować Ośrodek Fizjoterapii i Rehabilitacji. Utworzono pawilon łóżkowy, saune, zaplecze rekreacyjne z kortem tenisowym i boiskiem.
W 1987 r. oddano do użytku Zakład przyrodoleczniczy, który stał się fundamentem Beskidzkiego Zespołu Leczniczo – Rehabilitacyjnego.
W 1994 r. przekształcono sanatorium w szpital rehabilitacyjny – powołano Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej pod rozszerzoną nazwą Beskidzki Zespół Leczniczo – Rehabilitacyjny Szpital Opieki Długoterminowej w Jaworzu.
W 1997 został utworzony Zespół pozalekcyjnych Zajęć Wychowawczych, który od 1998 r. prowadzony jest przez Zespół Szkół Specjalnych w Skoczowie. Od 2002 r. realizowano zadania edukacyjne na poziomie szkoły podstawowej i gimnazjum, a od września 2012 r. w zakresie liceum.
W 2005 r. została otwarta Poradnia Rehabilitacyjna dla Dorosłych i Poradnia Rehabilitacyjna dla Dzieci i Młodzieży, a działalność Szpitala została poszerzona o ambulatoryjne zabiegi rehabilitacyjne oraz rehabilitację późną ciężkich chorób układu nerwowego.
W 2011 r. utworzono Jaworzańskie Centrum Hydroterapii Solankowej, którego zamknięcie z powodu zagrożenia epidemicznego w latach 2020-2023 w związku wystąpieniem koronairusa Sars CoV-2 przyczyniło się do zakończenia jego działalności.
Ponadto w 2011 r. rozszerzono świadczenia medyczne o rehabilitację kardiologiczną stacjonarną i dzienną, rehabilitację neurologiczną wczesną i neurologiczną dziecięcą, a w 2014 r. o rehabilitację ogólnoustrojową dzienną i rehabilitację dzieci z zaburzeniami wieku rozwojowego.
Od stycznia 2011 r. Szpital posiada uprawnienia do prowadzenia kształcenia podyplomowego lekarzy i prowadzi specjalizację w zakresie rehabilitacji medycznej.
Na przestrzeni kolejnych lat obiekty Szpitala zostały zmodernizowane i dostosowane do potrzeb osób niepełnosprawnych:
- Oddział Leczniczo – Rehabilitacyjny dla Dorosłych w latach 2008 – 2010,
- Oddział Leczniczo – Rehabilitacyjny dla Dzieci i Młodzieży w latach 2011 – 2013.
W październiku 2013 r. w następstwie wizyty akredytacyjnej z Centrum Monitorowania Jakości w Ochronie Zdrowia, Szpital otrzymał pozytywną rekomendację i uzyskał certyfikat akredytacyjny potwierdzający spełnienie standardów dla lecznictwa szpitalnego. Szpital posiadał certyfikat akredytacyjny do roku 2020.
W 2014 r. Szpital wdrożył Systemu Zarządzania Jakością i otrzymał certyfikat potwierdzający zgodność z normą ISO 9001:2015.
Po wdrożeniu w 2023 r. Systemu Zarządzania Bezpieczeństwem Informacji i odbyciu audytu certyfikującego we wrześniu tegoż roku Szpital otrzymał certyfikat potwierdzający zgodność systemu z normą ISO 27001:2013.
Po przeprowadzeniu reorganizacji prowadzonej działalności w Oddziale dla Dzieci i Młodzieży z dniem
30 czerwca 2024 r. swoją działalność zakończył Pododdział Rehabilitacji Pulmonologicznej dla Dzieci i Młodzieży.
Od lipca 2024 r. Szpital posiada uprawnienia do prowadzenia szkoleń specjalizacyjnych w dziedzinie fizjoterapii. Pierwsze spotkanie specjalizantów odbyło się 28 lutego 2025 r. W styczniu 2025 r. rozpoczęto przyjmowanie pacjentów w ramach rehabilitacji ambulatoryjnej w nowo wyremontowanym budynku „Jaś” w Oddziale dla Dorosłych zapewniając pacjentom bezpieczeństwo i wysoki komfort odbywania terapii.